Los hongos son organismos cosmopolitas que pueden desarrollarse en los sustratos más variados, en diversos climas e incluso en condiciones extremas. Contribuyen al deterioro de infraestructuras y colecciones arqueológicas, producen toxinas y sustancias volátiles que en ocasiones causan enfermedades respiratorias, sistémicas y alergias. El objetivo del presente trabajo es monitorear la presencia de hongos en laboratorios de Bioarqueología y Biología Molecular, y generar un protocolo de buenas prácticas de limpieza sobre estos ambientes. Se trata de cuatro laboratorios ubicados en el Instituto de Antropología de Córdoba, en el Área de Arqueología de la Dirección de Patrimonio Cultural de la Agencia Córdoba Cultura S.E. y en la Reserva Patrimonial del Museo de Antropología. Se aplicó metodología gravimétrica, disponiendo placas de Petri (n= 30) con medio de cultivo Agar Sabouraud glucosado con antibiótico, en distintas superficies de los espacios mencionados, durante 5 minutos. Seguidamente, fueron incubadas en estufa durante una semana a 28ºC. La identificación de las distintas colonias se llevó a cabo mediante lupa y microscopía óptica, realizando recuento de las mismas e identificación a nivel género. Se detectó la presencia de Cladosporium sp., Aspergillus sp., Penicillium sp., Chrysonilia sp. y Rhodotorula sp. Algunos de los géneros identificados pueden provocar distintas patologías respiratorias. Se presentan los resultados, discriminando por laboratorios, así como la propuesta de buenas prácticas y de limpieza generadas para estos ambientes, y las normas de bioseguridad e higiene que garanticen una reducción en la concentración ambiental de la microbiota fúngica a la cual están expuestos los trabajadores, minimizando así los riesgos de exposición a enfermedades y daños en las colecciones bioarqueológicas.