El presente artículo tiene como objetivo mostrar los resultados del análisis estratigráfico en estructuras arquitectónicas, metodología desarrollada por la Arqueología de la Arquitectura y en este caso aplicada a la fachada principal de la Iglesia de San Francisco de Santiago de Chile, única edificación que sobrevivió al terremoto de 1647 y que se mantiene en uso hasta tiempos actuales. La realización de este análisis forma parte del proyecto FONDEF ID14I10187 “Colecciones de referencia para el Patrimonio Construido-Identificación microestructural de materiales y macroestructural de Sistemas Constructivos Patrimoniales”.     Palabras Clave: Análisis estratigráfico, arqueología de la arquitectura, arqueometría, arqueología urbana, interdisciplinaridad