La enfermedad pulmonar obstructiva crónica (COPD) del equino es una alteración alérgica del tracto respiratorio bajo, con obstrucción de las vías aéreas y una bronquiolitis mucopurulenta, desencadenada por diversos alergenos. Es una patología de distribución mundial, geográficamente es más común en países templados donde los equinos se alimentan en base a heno y se mantienen estabulados por largos períodos. En Chile, la enfermedad ha sido descrita y se presenta especialmente en primavera. En el presente estudio se analizaron 99 muestras de paja, heno mixto y heno de alfalfa provenientes de 19 criaderos de caballos chilenos de las provincias de Valdivia y Osorno con el objeto de determinar la presencia de hongos y bacterias termofílicas. Los hongos más aislado fueron A. fumigatus. De las bacterias termofílicas se aisló escasamente Thermoactinomyces vulgaris y S. rectivirgula