El cambio en el régimen de eventos de inundaciones en espacios urbanos es una problemática global. Para identificar posibles causas de las inundaciones en San José de Mayo, se analiza a nivel cuenca los factores que favorecen este fenómeno, considerando el cambio climático y las transformaciones en los usos del suelo. Se evalúa la incidencia de la variabilidad de eventos fuertes de precipitación, precipitaciones acumuladas e intensificación productiva en relación al caudal del río, con el fin de comprender la ocurrencia de eventos de inundación en la ciudad. Se identificaron en los últimos 30 años aumentos en las precipitaciones; una asociación entre las precipitaciones y los niveles del río; y además un cambio en la matriz productiva en el territorio. Donde los procesos de impermeabilización del suelo, frente al cambio climático, generan una situación de mayor vulnerabilidad para la población en áreas inundables. Como las cuencas sufren alteraciones en el uso del suelo, la protección de los bosques nativos y humedales pueden favorecer la amortiguación del aumento del nivel del agua en los ríos. Se muestra la importancia de crear una estrategia territorial a nivel nacional para actuar en los espacios urbanos inundables, teniendo en cuenta toda la cuenca.