The text aims to discuss the National Institutes of Science and Technology (INCTs) of Brazil in the context of the Latin American functionally differentiated society. The article describes the concept of innovation in its state of the art. In addition, characterizes the INCTs in the field of systems thinking applied to innovation, pointing out the consequences resulting from these characterizations for Public Policy applied to science, technology and innovation (Public Policy applied to STI). The text concludes with the need to re-discuss and deepen the operationalization of the INCTs.El texto tiene por objeto discutir los Institutos Nacionales de Ciencia y Tecnología brasileños (INCTs) en el contexto de la sociedad funcionalmente diferenciada Latinoamericana. El texto describe el estado del arte de la innovación, en ese contexto, caracterizará los INCTs en el ámbito del pensamiento sistémico aplicado a la innovación, señalando las consecuencias que resultan de estas caracterizaciones para la Política Pública aplicada a la ciencia, tecnología e innovación (Políticas Públicas aplicado a CTI). El texto concluye con la necesidad de rediscutir y profundizar la operacionalidad de los INCTs.