La descentralización ha sido una de las políticas públicas de mayor peso para crear un nuevo federalismo en México. El estudio organizacional del sector salud en el estado de Querétaro permite apreciar los efectos de esta política. En particular, este proceso obligó a los estados a la creación de un organismo paraestatal para recibir las nuevas competencias. Por tanto, la hipótesis consiste en que dicha obligación ha creado incentivos negativos. Al efecto se realiza un estudio multidisciplinario mediante análisis jurídico, organizacional y administrativo. Los resultados demuestran resultados mixtos, ya que la creación de la nueva entidad ha introducido flexibilidad, pero al tener a los mismos funcionarios en dos dependencias diferentes ha creado problemas de mando, jerarquía y competencias.