Introduction: Describe the factors associated with discrimination against men who have sex with men, in the cities of Bogotá, Medellín and Cali, Colombia 2019. Materials and Methods: cross-sectional study, using survey-led sampling, involving 1301 men who have sex with men. The aggregated data were weighted and adjusted prevalence ratios were calculated to measure the association between the selected factors and discrimination. Results: the proportion of discrimination was 18.6% (95% CI: 16.5-20.7). It was independently associated with being over 30 years old, homosexual sexual orienta¬tion, ignorance on the part of the family of their sexual practices, not having a stable partner and consuming marijuana. Discussion: families and the partner themselves are the main generators of discrimi¬nation. Spaces for education and awareness are recommended on the issue of sexual orientation and gender identity within the framework of the differential approach for families, health professionals, among others.Introducción: Describir los factores asociados a la discriminación de los hombres que tienen relaciones sexuales con otros hombres en las ciudades de Bogotá, Medellín y Cali, Colombia 2019. Materiales y Métodos: Estudio transversal, utilizando el muestreo dirigido por encues¬tados, donde participaron 1301 hombres que tienen relaciones sexuales con otros hombres. Los datos agregados se ponderaron y se calcularan las razones de prevalencia ajustada para medir la asociación entre los factores seleccionados y la discriminación. Resultados: La prevalencia de discriminación fue del 18,6% (IC95%:16,5- 20,7). Se asoció de forma independiente con tener más de 30 años, orientación sexual homosexual, desconocimiento por parte de la familia de sus prácticas sexuales, no tener pareja estable y consumir marihuana. Discusión: Las familias y la propia pareja son los principales generadores de discri¬minación. Se recomiendan espacios de educación y sensibilización sobre el tema de la orientación sexual e identidad de género en el marco del enfoque diferencial para las familias, profesionales de la salud, entre otros.