Seeking to prevent antisocial behavior, the study of the biological basis of empathy has gained certain relevance in recent years. Some studies have pointed out the involvement of the hypothalamic-pituitary-adrenal axis (HPA) and cortisol in empathy, but few have studied the relationship between the first and Cortisol Awakening Response (CAR), as an indicator of HPA's basal activity. This research aims to study the relationship between empathy (cognitive and emotional) and CAR in 39 men and 91 women (47 in the follicular phase and 44 in the luteal phase of their menstrual cycle). CAR was obtained from saliva samples collected upon awakening and 30, 45 and 60 minutes later; empathy was assessed using the Interpersonal Reactivity Index. The results show that women exhibit greater cognitive empathy, when the increase in CAR during the follicular phase is greater. Men, on the other hand, experiment fewer sympathy or emotional contagion when the increase in CAR is greater. Therefore, the differences found between empathy and sympathy regarding gender and menstrual cycle phases in women could be explained by different psychobiological patterns.Con la finalidad de prevenir la conducta antisocial, el estudio de las bases biológicas de la empatía ha cobrado especial relevancia en los últimos años. Diversos estudios han resaltado la implicación del eje hipotálamo-hipófisis-adrenal (HHA) y el cortisol en la empatía, pero son escasos los que han estudiado la relación entre esta y la respuesta matutina de cortisol (CAR, por su nombre en inglés Cortisol Awakening Response) como indicador de la actividad basal del HHA. Este estudio analiza la asociación entre la empatía, tanto cognitiva como emocional, y la CAR en 39 hombres y 91 mujeres (47 fase folicular y 44 fase lútea del ciclo menstrual). La CAR se obtuvo a partir de muestras de saliva recogidas al despertar y a los 30, 45 y 60 minutos posteriores, la empatía se evaluó mediante el Índice de Reactividad Interpersonal (Interpersonal Reactivity Index). Los resultados muestran que las mujeres exhiben mayor empatía cognitiva cuando mayor es el incremento de la CAR durante la fase folicular. Los hombres muestran menor simpatía o contagio emocional cuando es mayor el incremento de la CAR. Por tanto, las diferencias entre empatía y simpatía, en función del género y de la fase del ciclo menstrual en las mujeres, podrían ser explicadas por la existencia de patrones psicobiológicos distintos.