La pandemia de COVID-19 nos sorprendió como una realidad solo vista en películas de ciencia ficción y series apocalípticas. Este acontecimiento trajo consigo un tremendo desafío en términos humanos, económicos y clínicos. Se hizo evidente que, en muchos aspectos, no estábamos preparados para responder rápida y eficazmente a catástrofes sanitarias de esta magnitud. En contrapartida, la comunidad científica junto al compromiso de las universidades, afrontó la pandemia transformando laboratorios de investigación en verdaderos laboratorios de diagnóstico clínico al servicio de la comunidad. En este artículo, plasmamos nuestra experiencia durante la pandemia de COVID-19, desde la implementación de nuestro laboratorio de diagnóstico clínico universitario en la Universidad de Santiago de Chile, describimos sus problemas y desafíos, en el trayecto de analizar más de 600 mil muestras de SARS-CoV-2 para numerosas comunas del gran Santiago. En este trabajo académico quisimos describir en detalle algunos de los hechos relevantes, incluyendo los aspectos humanos del proceso, problemas técnicos, errores y desafíos institucionales con el fin de preverlos y subsanarlos ante posibles escenarios similares en el futuro. Finalmente, creemos que este trabajo de reflexión retrospectivo posiciona a las instituciones universitarias como componentes esenciales de sistemas sanitarios integrados que permiten a los países en desarrollo, como Chile, controlar la expansión masiva de enfermedades infecciosas.