El presente artículo tiene como objetivo plantear una propuesta de metodología que permita evaluar las patologías de calidad (estéticas y superficiales) en estructuras históricas en el centro de la ciudad de Lima (Perú), de tal forma que puedan ser identificadas tanto las patologías que más repercuten en la calidad total de la estructura, como las causas principales de estas. Como caso de estudio, la metodología se aplica a la “Basílica y Convento de San Francisco”, concluyendo que las patologías que afectan principalmente a la estructura son las fisuras, y que las principales causas son los sismos y las vibraciones externas.The purpose of the present paper is to set forth a methodology proposal for assessing quality pathologies (aesthetic and superficial) in historic buildings located in the city center of Lima (Peru), in order to identify the pathologies having the strongest impact on the overall quality of the structure, as well as their main causes. As a study case, the methodology is applied to the “Basilica and Convent of San Francisco”, which allowed concluding that fissures are the pathologies that most affect the structure and earthquakes, and external vibrations are the main causes thereof