El trabajo presenta una revisión y discusión de los aspectos legales y éticos que protegen a los sujetos con discapacidad intelectual en la participación de investigaciones o intervenciones terapéuticas en Chile, además de reflexionar sobre situaciones de diagnóstico y tratamiento que generan conflicto respecto de los derechos de las personas con discapacidad intelectual. Los temas específicos se vinculan con la decisión autónoma y capacidad en el consentimiento informado, los derechos de las personas con discapacidad intelectual, la evaluación de la capacidad y la reflexión sobre algunos dilemas bioéticos en el tratamiento y evaluación de la discapacidad intelectual. Se propone reconocer el derecho de las personas con discapacidad intelectual a decidir por sí mismos y ser reconocidos en igualdad de oportunidades y derechos, desarrollar procedimientos y protocolos para la evaluación de la capacidad estandarizados y adaptados a la diversidad cultural del país, y que cuidadores, familiares y profesionales consideren no solo las normativas frente a la investigación y tratamiento, sino también la opinión y decisión de las personas con discapacidad, e informarles en qué consisten dichas experiencias, considerando sus características individuales.