Concrete is one of the most used materials in the building sector. Inevitably, concrete gains strength and develops shrinkage cracks during the curing process. Shrinkage cracks provide an entry point for reactive fluids to get into the concrete core. Under favorable conditions, the fluids reduce the pH of the core and consequentially corrode the reinforcing bars. This research shows the use of Bacillus megaterium MTCC 3353, which produces calcium carbonate and closes the minute fissures. Part substitution of cement with metakaolin was also done in the study. It was seen that the bio-based concrete specimens enhanced the mechanical strength and durability parameters. The calcite precipitation was validated using a microstructure study. FESEM and XRD tests show the presence of calcite (calcium carbonate) inside the concrete structure. The bacteria were tested for their growth when superplasticizers were added to them. The bacteria showed normal growth compared to the conventional testing.El hormigón es uno de los materiales más utilizados en el sector de la edificación. Inevitablemente, el concreto gana fuerza y desarrolla grietas por contracción durante el proceso de curado. Las grietas por contracción proporcionan un punto de entrada para que los fluidos reactivos ingresen al núcleo de concreto. En condiciones favorables, los fluidos reducen el pH del núcleo y, en consecuencia, corroen las barras de refuerzo. Esta investigación muestra el uso de Bacillus Megaterium MTCC 3353, que produce carbonato de calcio y cierra las fisuras diminutas. En el estudio también se realizó la sustitución parcial de cemento por metacaolín. Se observó que las muestras de hormigón de base biológica mejoraron los parámetros de resistencia mecánica y durabilidad. La precipitación de calcita se validó mediante un estudio de microestructura. Los ensayos FESEM y XRD muestran la presencia de calcita (carbonato de calcio) en el interior de la estructura de hormigón. Se probó el crecimiento de las bacterias cuando se les añadieron superplastificantes. Las bacterias mostraron un crecimiento normal en comparación con las pruebas convencionales.