Este artículo introduce la línea de investigación “ergonomía, trabajo y salud” propuesta en el proyecto de creación del “doctorado en ergonomía” que adelantan la Universidad del Valle y la Universidad Nacional de Colombia, como parte de la construcción de conocimiento sobre el camino recorrido por la comunidad que ha trabajado la ergonomía en Colombia, en especial desde la implementación de la Ley 100 de 1993, mediante la cual se crea el sistema de seguridad social integral en este país. Este sistema establece tres grandes subsistemas: pensiones, salud y riesgos laborales, siendo este último el principal escenario de aplicación de la ergonomía en Colombia. El artículo reflexiona sobre los retos investigativos que se vislumbran en, para y desde la ergonomía del sistema de salud, en especial ante la actual situación de pandemia. La ergonomía del sistema de salud se entiende desde el compromiso con las instituciones y políticas que configuran este sistema. La ergonomía para el sistema de salud busca abordar las instituciones reales y los procedimientos en el funcionamiento del sistema de salud, entendidos como marcos que regulan la acción humana. La ergonomía en el sistema de salud hace referencia a los estudios, acciones y desarrollos que se adelantan en las instituciones de salud o con relación a los propios trabajadores de la salud. Se concluye que la formación doctoral permitirá a sus egresados transitar de manera interdisciplinar y transdisciplinar, para posicionar la ergonomía en niveles estratégicos y políticos que contribuyan a mejorar los sistemas de salud.