Juan José Fuentes Ubilla nació el 6 de septiembre de 1979 en la ciudad de Santa Cruz. Fue estudiante, ayudante y luego profesor del Departamento de Filosofía de la Facultad de Filosofía y Humanidades de la Universidad de Chile. Fue ayudante de la profesora Patricia Bonzi, con quien se formó en filosofía contemporánea y especialmente en la fenomenología de autores como Lévinas y Arendt. Ayudante del profesor Arturo Fontaine y luego profesor del curso de Filosofía Medieval. Ayudante y luego coinvestigador del profesor Humberto Giannini en el proyecto Fondecyt “El horizonte ético-político del perdón de la promesa: claves para una ética del conflicto”. Realizó su especialización de posgrado en estudios medievales, especialmente en los estudios de la tardoantigüedad, la influencia y el conflicto entre helenismo y cristianismo primitivo. Obtuvo su máster en Filosofía, mención Historia de la Filosofía en la Universidad Paris IV (Sorbonne). Continuó su formación de doctorado en Ciencias de la Religión y Sistemas de Pensamiento, en la École Practique des Hautes Études, bajo la dirección de Andrei Timotin.