La gobernanza territorial busca mejorar la efectividad en la gestión política. Se refiere al cambio en la relación Estado-sociedad para gestionar asuntos públicos. Este proceso enfrenta mayores dificultades a nivel local, debido generalmente a fallas en el diseño de políticas para la gestión pública. Esto se complejiza cuando la gobernanza se observa en un espacio que aglomera y conjuga elementos ambientales y sociales, como en las Reservas de la Biosfera. El objetivo de este trabajo fue explorar la gobernanza territorial en una experiencia de conservación, mediante el programa de conservación del jaguar. El método utilizado se basó en la propuesta de Chía et al., (2016) sobre gobernanza territorial. Los resultados se dirigen hacia: la calidad de los instrumentos de política y la ausencia de espacios de participación para los pequeños productores agropecuarios del subsector ovino. De este modo, la falta de instrumentos de gestión coherentes y eficaces genera limitaciones para el trabajo intersectorial y limita las posibilidades de avance y consolidación de nodos, conformados por actores e instituciones del sector social. La ausencia de un foro de participación, en el que se dé respuesta a los problemas derivados de la interacción humano-jaguar, aumenta la intolerancia del productor hacia el jaguar, desencadenando la cacería por represalia. Este trabajo concluye que para avanzar en los esfuerzos enfocados a la conservación es imprescindible que la intervención se comprenda y atienda como un problema complejo, cuya posible solución solo ocurrirá a través del lente del trabajo integrativo que incluya a los diferentes actores territoriales.