The IFOP (Instituto Fomento Pesquero) performed an important role in the development of the fishery of the Patagonian Toothfish (Dissostichus eleginoides Smitt, 1898) at the south of parallel 47°S, executing the research from the early 90´s that allowed this fishery to established and positively impact the economic activity in the 12th Region of Magellan, adding the fishing resources with a high added value. This fishery (at the south of 47°S) has been supported with a monitoring program of recording of biological and fishing data for administration and evaluation purposes of the fishery since its beginning, supported by data taken by scientific observers shipped in the fishing fleet of longline, classified in fishing´s log, sample of size of the captures and fishing biological sampling to know the reproductive condition and the age composition of catches. In this sense, this work shows the main challenges of the monitoring program of the fishery, by having characteristics of being permanent end timely the taking of the fishing´s biological data, it also has as goal to achieve in representing the time and space dynamic of the fishing activity and patterns of biological resources, being this as a bais the key to determine the state fishery situation, where the biological interaction with the mammals (killer whales and sperm whales) that depredate to t the capture of Patagonian Toothfish, it adds to the monitoring program mayor challenges to its research oriented to improve the fishery knowledge as a socio-ecological system.Resumen El Instituto de Fomento Pesquero desempeñó un papel fundamental en el desarrollo de la pesquería de bacalao de profundidad (Dissostichus eleginoides Smitt, 1898) al sur del paralelo 47° L.S., ejecutando desde inicios de los años noventa la investigación que permitió consolidar esta pesquería e impactar positivamente a la actividad económica de la XII Región de Magallanes, al sumar un recurso pesquero con alto valor agregado. Esta pesquería al sur del 47° S ha contado con programa de monitoreo de levantamiento de datos biológicos y pesqueros para fines de administración y evaluación de la pesquería desde su origen, sustentado en registros tomados por observadores científicos embarcados en la flota pesquera de palangre . Los datos disponibles han sido clasificados en bitácoras de pesca, muestreos de talla de las capturas y muestreos biológicos pesqueros para conocer la composición de edad de las capturas y la condición reproductiva. En este sentido, el presente trabajo muestra los principales desafíos del programa de monitoreo de la pesquería, que al tener características de ser permanente y oportuna la toma de datos biológicos pesqueros, también tiene entre sus metas lograr representar la dinámica espacio-temporal de la actividad de pesca y los patrones biológicos del recurso, siendo este un insumo clave para determinar el estado de situación de la pesquería, en donde la interacción biológica con los mamíferos (orcas y cachalotes) que predan sobre la captura de bacalao de profundidad, agrega al programa de monitoreo mayores desafíos a su investigación orientado a mejorar el conocimiento de la pesquería como sistema socio-ecológico.