Purpose: Higher Education Institutions can respond to environmental problems with the support of Environmental Management Systems (EMS), a tool to reduce anthropogenic effects and optimize organizational processes. Objective: The objective of the research was to generate strategies and recognize areas of opportunity for the proper operation of the EMS of the Autonomous University of the State of Morelos in Mexico in a specific Research Center. Materials and Methods: The methodology used is mixed. A survey was constructed with items derived from the quality and environmental management principles referred to in the ISO standards, statistically validated using Cronbach's alpha coefficient. In addition, environmental performance was evaluated using an Identification Matrix and an Evaluation of Environmental Aspects, Impacts, and Risks. Results: As a result, aspects that contribute to the non-appropriation of the EMS were identified, as well as the lack of importance of individual activities to create effects in the community analyzed. The need to create training plans specific to the requirements of the environmental spheres and to promote people participation is also highlighted.Propósito: Las Instituciones de Educación Superior (IES) tienen capacidad para responder a los problemas ambientales apoyándose de los Sistemas de Gestión Ambiental (SGA), herramienta que tiene como propósito reducir efectos antrópicos y optimizar los procesos de la organización. Objetivo: Generar estrategias y reconocer áreas de oportunidad para la operación adecuada del SGA de la Universidad Autónoma del Estado de Morelos en México al interior de un Centro de Investigación. Materiales y Métodos: La metodología utilizada es mixta. Se construyó una encuesta con los ítems derivados de principios de calidad y gestión ambiental que refieren las normas ISO, validada estadísticamente utilizando el coeficiente de alfa de Cronbach. Adicionalmente, se realizó una evaluación del desempeño ambiental mediante una Matriz de Identificación y Evaluación de Aspectos, Impactos y Riesgos Ambientales. Resultados: Se identificaron aspectos que contribuyen a la no apropiación del SGA, así como la falta de trascendencia de las actividades individuales para crear efectos en el colectivo del complejo. También se destaca la necesidad de crear planes de capacitación puntuales a los requerimientos de las esferas ambientales y se promueva la participación ciudadana.