El presente trabajo analiza las consideraciones de la Corte Suprema chilena suscitadas al alero de la reciente normativa universitaria en materia de acoso sexual y otras formas de violencia en contra de las mujeres. Se sostiene que la tesis sostenida por el máximo tribunal chileno (replicada por algunas Cortes de Apelaciones) adolece de una ceguera importante frente a las desigualdades de género que subyacen a los fenómenos de acoso y violencia en contra de las mujeres y que fundamentan la institucionalidad universitaria en la materia. Para ello, se analiza desde una perspectiva de género la forma de reconstruir la autonomía universitaria para sancionar dichos hechos y se contrasta con otros pronunciamientos de la Corte en que se otorga una mayor amplitud a la potestad sancionatoria de las universidades en el marco regulatorio chileno.