This paper describes and analyzes a methodological approach applied to address the management of complex problems, with a special focus on public transportation in Chile. Based in an empirical and participatory strategy, public sector functionaries identified critical problems and challenges in the public transportation sector and developed prospective planning scenarios from a subnational, decentralizing perspective. The study confirms the predominantly technical nature of decision-making in the sector and highlights the potential contribution of a sociopolitical approach. While a political and territorial perspective should facilitate certain advance in the inclusion of actors and articulation between levels, several obstacles complicate alignment of technical decisions with the complex scenarios currently present in Chile. The multilevel governance perspective appears as an alternative for building more relevant, representative prospective planning in Chile.Este trabajo describe y analiza una propuesta metodológica aplicada para abordar la gestión de problemas complejos, con foco especial en el transporte público en Chile. A través de una estrategia empírica y participativa con funcionarios del sector público, identificamos los problemas y desafíos críticos en el sector del transporte público y construimos escenarios de planificación, con una perspectiva subnacional y descentralizadora. Se constata el carácter eminentemente técnico de las decisiones en el sector estudiado, y el aporte que el enfoque sociopolítico podría generar. Si bien hay avances en la inclusión de actores y niveles de articulación, con mirada política y territorial, persisten obstáculos en la alineación entre las decisiones técnicas y los escenarios complejos que se presentan en la actualidad chilena. Este estudio resalta la perspectiva de gobernanza multinivel como una alternativa para la construcción de planificaciones prospectivas más pertinentes y representativas de la realidad nacional.