Objective: To detect the presence of infection by EBV (Epstein-Barr Virus), CMV (Cytomegalovirus) and HSV-1 (Herpes Simplex Virus type 1) in subgingival samples from HIV-positive patients under HAART (High Activity Antiretroviral Therapy), HIV-positive patients without HAART, HIV-negative patients with chronic periodontitis and healthy controls. Methodology: Crevicular fluid samples of 11 HIV+ patients on therapy were evaluated, 6 without antiretroviral therapy, 7 HIV-negative subjects with chronic periodontitis and 7 periodontally-healthy controls. PI (Plaque index), GI (Gingival Index), PD (probing depth) and CAL (Clinical Attachment Loss) were registered at six sites per each tooth in all teeth and subgingival plaque samples of a tooth were collected per quadrant. Nested PCR was used to detect EBV and endpoint PCR to detect infection by CMV and HSV-1. Results: Clinical parameters showed statistically significant differences between HIV-positive patients and subjects with chronic periodontitis compared with the control group (p <0.05). DNA of EBV was detected mainly in HIV-positive patients under HAART, 91% (10/11). DNA of CMV was detected mainly in patients without HAART, 67% (4/6), while HSV-1 was observed in 27% (3/11) of patients under HAART. In the control group no virus was detected. Coinfection was observed in 50% of HIV patients without HAART, 36% of HIV patients with HAART and 14% of HIV-negative with chronic periodontitis. Conclusion: Viral infection was prevalent in HIV patients under HAART and EBV was the primary viral infection detected in HIV-positive patients with chronic periodontitis.Objetivo: Detectar la presencia de infección por VEB (Virus Epstein-Barr), CMV (Citomegalovirus) y VHS-1 (Virus Herpes simple tipo 1) en muestras subgingivales de pacientes VIH-positivos bajo HAART (Terapia Anti Retroviral de Alta Actividad), VIH-positivos sin HAART, pacientes VIH-negativos con periodontitis crónica y controles sanos. Metodología: Se evaluaron muestras de fluido crevicular de 11 pacientes VIH+ bajo terapia, 6 sin terapia antiretroviral, 7 sujetos VIH–negativo con periodontitis crónica y 7 controles periodontalmente sanos. Se registró el IP (Índice de placa), IG (Índice Gingival), PS (Profundidad del Sondaje) y NIC (Nivel de Inserción Clínica) en seis sitios por diente en todos los dientes y se recolectaron muestras de placa subgingival de un diente por cuadrante. Se empleó PCR anidada para detectar VEB y PCR punto final para identificar la infección con CMV y VHS-1. Resultados: Los parámetros clínicos mostraron diferencias estadísticamente significativas entre pacientes VIH-positivos y sujetos con periodontitis crónica comparados con el grupo control (p<0.05). El ADN de EBV fue detectado principalmente en pacientes VIH-positivos bajo HAART con 91% (10/11). El ADN de CMV se detectó principalmente en pacientes sin HAART, 67% (4/6), mientras que VHS-1 se observó en 27% (3/11) de los pacientes bajo HAART. En el grupo control no se detectó ningún virus. La coinfección fue observada en 50% de los pacientes VIH sin HAART, 36% de los VIH con HAART y 14% de los VIH negativos con periodontitis crónica. Conclusión: La infección viral fue predominante en los pacientes VIH bajo HAART y VEB fue la principal infección viral detectada en los pacientes VIH positivos y con periodontitis crónica. La detección viral no se correlacionó con los parámetros clínicos.