El cambio de uso de suelo es un problema global con enormes implicaciones sociales, económicas y ambientales. Actualmente, muchos países muestran altas tasas de deforestación teniendo un impacto directo en las reservas de C y N del suelo y en los ciclos biogeoquímicos. A pesar de que hay un número considerable de estudios que resaltaron los efectos de la sustitución de bosques en el secuestro de C, el impacto en la estequiometria ecológica y en ciclos biogeoquímicos no se ha evaluado sistemáticamente en diferentes suelos. Para evaluar la magnitud de estas alteraciones, cuantificamos los principales grupos y flujos de C, N y P en parcelas de bosques nativos secundarios y parcelas de plantaciones de pinos exóticos en 5 suelos contrastantes en el centro-sur de Chile. Se establecieron dos parcelas permanentes adyacentes, donde se monitorearon los flujos principales del bosque durante dos años. Cuantificamos la caída y descomposición de la hojarasca, el flujo de CO2 del suelo, el I.A.F, producción anual de raíces, DOC, nitrato, amonio y DTP en lixiviados y biomasa en pie. Los reservorios totales C y N fueron significativamente diferentes entre los tipos de suelo (p = 0.02), pero no entre los tipos de bosque. El mayor promedio de C en todos los suelos se encontró en bosque Nativo (NF) (202.22 ± 82.77 Mg ha-1) en comparación con plantación (PL) (172.55 ± 87.73 Mg ha-1), mientras que el N total mostró el mismo stock tanto en NF (11.9 ± 6.5 Mg ha-1) como para PL (11,9 ± 7,18 Mg ha-1). El stock total de fósforo mostró una interacción significativa entre los factores principales (p = 0.001). Los flujos de entrada no mostraron diferencias estadísticas entre el tipo de bosque (p = 0.13), mientras que los flujos de salida tampoco mostraron diferencias estadísticas entre el tipo de bosque (p = 0.43). El almacenamiento de C en el ecosistema no mostró diferencias entre el tipo de bosque (p = 0.07). Las variables medidas mostraron una correlación positiva y significativa entre ellas, pero solo la producción de raíces mostró una correlación positiva (R2 = 0.49) con el total de C del suelo (p = 0.001