La crisis del sistema universitario agudiza la contingencia cuestionando las lógicas aplicadas en el pasado para regular sus procesos. En Chile los programas políticos proponen modificaciones al financiamiento y la calidad educativa pero el tema del gobierno de las universidades no ha sido objeto de iniciativas, registrándose al mismo tiempo un desconocimiento respecto del posicionamiento de los diversos estamentos. El artículo analiza la dinámica que rodea la discusión sobre el gobierno universitario en Chile y las principales características y posibilidades en el actual escenario social. La teoría de los sistemas autorreferidos facilita efectuar distinciones útiles en un contexto de elevada complejidad que contrapone valores, miradas y opciones cada vez más heterogéneas.