The intra- and inter-population variation in cones and seeds of Pinus cembroides and Pinus johannis from central Mexico were analyzed because of the expected effects caused by the wide variation in the latitudinal gradient of the distribution of P. cembroides and P. johannis. The objectives of this study were to identify cone and seed variation in two pinyon species, corroborate taxa-specific identity according to cone and seed characteristics, and detect genetic interactions between species. Cones and seeds from 27 populations distributed in Mexican Altiplano were collected. The cone length, width, peduncle length, cone umbos length, number of scales, seed length and width, and testa thickness were measured. Based on morphological characteristics, population, and species, univariate analysis was performed. Intra-population differences were analyzed using the Kruskal-Wallis test, and interspecific differences were analyzed using the t-test. Discriminant analysis was used to evaluate genetic interactions between species. The cone and seed morphometry between species showed significant differences in cone length, width, umbo length, and seed length. P. johannis showed greater peduncle length and seed testa thickness. Discriminant analysis differentiated the two species and demonstrated eventual hybridization between them. The structures measured in populations of P. cembroides and P. johannis from the center of distribution had intermediate dimensions compared to the northern or southern populations. The cones and seeds of P. cembroides were less variable than those of P. johannis in terms of latitudinal distribution. This information is considered useful for forest management and conservation of specific populations.La variación intra e interpoblacional de conos y semillas de Pinus cembroides y P. johannis del centro de México fue analizada debido a que se esperan efectos causados por la amplia variación en el gradiente latitudinal de distribución de los piñoneros. Los objetivos fueron identificar variación de conos y semillas en dos especies piñoneras; corroborar identidad específica de los taxa conforme a características de conos y semillas; detectar interacción genética entre especies. Se recolectaron conos y semillas de 27 poblaciones distribuidas en el Altiplano Mexicano. Se midieron longitud y anchura del cono, longitud del pedúnculo, longitud de umbos del centro del cono, número de escamas, longitud y anchura de semilla y grosor de la testa. Con los caracteres morfológicos, por población y entre especies, se hizo un análisis univariado. Las diferencias intrapoblacionales se analizaron con la prueba de Kruskal-Wallis y las diferencias interespecíficas mediante Prueba de t. Para evaluar interacción genética entre especies se utilizó un análisis discriminante. La morfometría de conos y semillas entre especies tuvo diferencias significativas en longitud y anchura del cono, longitud del umbo y longitud de semillas. P. johannis mostró mayor longitud del pedúnculo y grosor de la testa de la semilla. El análisis discriminante diferenció las dos especies y evidencia la eventual hibridación entre ellas. Las estructuras medidas en poblaciones de P. cembroides y P. johannis del centro de distribución tuvieron dimensiones intermedias en comparación con las poblaciones septentrionales o meridionales. Los conos y semillas de P. cembroides fueron menos variables que los de P. johannis en relación a la distribución latitudinal. La información se considera útil para gestión forestal y conservación de poblaciones específicas.