La Patagonia fue el primer territorio salesiano “ad gentes”. La creación de su administración bajo la figura de un Vicariato y Prefectura apostólica de parte de la Congregación Salesiana y el Colegio de Propaganda Fide, trajo aparejados numerosos conflictos con las Iglesias Argentina y Chilena y con  ambos Estados nacionales. Estos conflictos, en el marco histórico de la construcción de las naciones del siglo XIX y principios del siglo XX, fueron acompañados por los planes de evangelización que la Congregación salesiana había formulado para los pueblos originarios. Bajo la gestión y dirección de los dos primeros rectores mayores de la Congregación, Don Bosco y Don Rua, se resolvieron los  problemas con las Iglesias y Estados de ambas naciones, cargados de tensiones en la construcción del territorio de evangelización considerado según cada institución como “terra nullius”, “territorio salesiano” o “territorio nacional y diocesano”.