Los Objetivos sanitarios 2011-2020 reconocen la utilidad de la investigación en salud en la toma de decisiones de política pública a través de cuatro estrategias: formular prioridades, incentivar la investigación, desarrollar las capacidades investigativas del sistema y promover la transferencia del conocimiento. Con este propósito, la OMS propone, entre otros, realizar una síntesis amplia de la evidencia científica que permita conocer los vacíos del conocimiento. Así, el objetivo de esta investigación fue analizar la brecha entre la producción académica en salud mental infanto juvenil y la agenda gubernamental en salud y salud mental, entre 2000-2015. La metodología siguió las recomendaciones de la Declaración Prisma y sumó 160 artículos indexados producidos en población chilena menor de 29 años; se aplicó estadística descriptiva y análisis de contenido. Los resultados evidencian dificultades importantes en la ciencia que dificultan la priorización de la salud mental infanto-juvenil en la agenda gubernamental, entre las cuales, se incluye el predominio del enfoque de los factores de riesgo y la ausencia de soluciones concretas vinculadas a la realidad socio-política del país. Las conclusiones apuntan a modificar el uso del conocimiento científico abandonando las concepciones lineales y racionales que no consideran la complejidad del proceso político de construcción de los problemas públicos.The Health Objectives 2011-2020 recognize the usefulness of health research in the decision-making process through four strategies: formulating priorities, encouraging research, developing the research capabilities of the system and promoting knowledge transfer. To this end, WHO proposes, among others, to make a comprehensive synthesis of the scientific evidence that allows to see the knowledge gaps. Thus, the objective of this paper was to analyze the gap between academic production on child and adolescent mental health in Chile and the governmental agenda in health and mental health, between 2000-2015. The methodology followed the recommendations of the Prisma Declaration and added 160 indexed articles, which examine the Chilean population under the age of 29; descriptive statistics and content analysis were applied. The results show important difficulties in science that make it difficult to prioritize the child and adolescent mental health on the governmental agenda, including the predominance of the risk factors approach and the absence of concrete solutions related to the policy of the country. The conclusions aim to modify the use of scientific knowledge, abandoning the rational and linear conceptions that do not consider the complexity of the political process of construction of the public problems.