La  desecación de lagunas y humedales, la modificación de los ríos para construir centrales hidroeléctricas, la contaminación de cuencas y el despojo de manantiales, son decisiones del gobierno que han afectado a los pueblos indígenas y comunidades campesinas en diversos estados y regiones de México. Está situación no ha cambiado durante el gobierno del presidente Vicente fox, como lo demuestra el caso de las presas del río Usumacinta. El manejo del agua en las regiones indígenas es un asunto complejo. No se trata solo de asegurar un volumen para regar parcelas, sino de proteger ecosistemas, en donde la regulación de los ciclos hídricos es vital para la sobrevivencia de los pueblos que los habitan. El incumplimiento gubernamental a los acuerdos con el zapatismo, mantiene como un asunto pendiente el respeto a los derechos de los pueblos indígenas al manejo y control de bienes territoriales básicos, como el agua.