The present article focuses on the concern to know how the process of preparing investigators at Brazilian universities is being developed. One of the first difficulties being dealt with involves the predominant of segmented approach of the scientific investigation. This leads to the questioning of methodologies used to prepare these investigators. Among other several difficulties, the epistemological aspects up to the methodological ideas on the preparation of investigators are included. The structures of the subjects, their relation to the methodologies and the relations between methodological teaching and investigation practices are questioned. The preparation of critical social scientists in which extremely rigid different separations from the preparation processes is at stake here.    El artículo parte de la preocupación de saber cómo se está desarrollando la formación de investigadores en las universidades brasileñas. Una primera dificultad que se coloca es el predominio de un abordaje segmentado de la investigación científica. Eso lleva a un cuestionamiento sobre si particularmente las asignaturas de metodologías sirven para formar investigadores. Entre diversas dificultades, se incluyen desde aspectos epistemológicos hasta los impactos de las asignaturas metodológicas sobre la formación de los investigadores. Se cuestionan las estructuras de las disciplinas, su relación con las metodologías, y las relaciones entre enseñanza metodológica y prácticas de investigación. Lo que está en juego es la formación de científicos sociales críticos en que se cuestionen diferentes separaciones extremamente rígidas de los procesos de formación.