En este artículo se propone una metodología para la integración de variables ambientales, de ocupación del territorio y poblacionales, como complemento a la evaluación ambiental estratégica propuesta para Colombia en materia de política ambiental, con énfasis en salud ambiental. A partir de la información disponible y desde un enfoque cualitativo, se identifican conflictos entre las variables de interés para la priorización de zonas de intervención pública mediante proyectos de nivel municipal, los cuales deberían derivarse de las propuestas de la evaluación ambiental estratégica nacional. En la sección de metodología se detallan los aspectos generales de las evaluaciones ambientales estratégicas así como de la metodología complementaria propuesta y se presenta un caso de aplicación particular en un municipio colombiano. Los resultados muestran que la metodología propuesta es transversal y facilita la toma de decisiones con base en múltiples criterios para priorizar, en un contexto geográfico, la implementación de políticas estratégicas por medio de proyectos.