La apertura de nuevos mercados para los productos hidrobiológicos chilenos ha impuesto el análisis del estatus sanitario de cámaras frigoríficas donde estos productos son almacenados. Para medir el estatus sanitario, la Unión Económica Euroasiática (UEE) exige un recuento total de mohos e identificación de los géneros Cladosporium y Thamnidium en paredes y ambiente de las cámaras frigoríficas. Poco se sabe sobre la incidencia y niveles de contaminación de mohos en cámaras frigoríficas de productos de exportación en Chile. Aquí, los resultados de 88 análisis de mohos en paredes y aire, realizados a 24 empresas diferentes que poseen cámaras frigoríficas conteniendo productos hidrobiológicos, son mostrados. Incidencia, recuento total de mohos y número de colonias de Cladosporium fueron determinadas, y también, estos niveles de mohos fueron comparados entre plantas procesadoras de alimentos y empresas frigoríficas. Los resultados indican que los niveles de contaminación por mohos están bajo niveles aceptables para la UEE. Este es el primer reporte de incidencia y niveles de contaminación por mohos en cámaras frigoríficas de productos hidrobiológicos en el sur de Chile.