Las especies del género Aspergillus Link constituyen importantes agentes biodeteriorantes de objetos de valor constructivo, cultural y patrimonial. En ambientes laborales, sus propágulos y metabolitos pueden provocar afecciones a la salud humana. Los estudios aeromicológicos pueden contribuir a minimizar el impacto de Aspergillus spp. en el biodeterioro y la calidad de vida. Se han caracterizado de acuerdo a su potencial biodeteriógeno y patogénico representantes de Aspergillus spp. en el aire de depósitos de materiales en tres instituciones patrimoniales cubanas. Las muestras se tomaron empleando un biocolector SAS súper 100. Se evaluó cualitativamente la actividad celulolítica, amilolítica y proteolítica de los aislados; así como la excreción de pigmentos y ácidos orgánicos. Se evaluó el crecimiento a 37°C y la secreción de hemolisinas. Aspergillus spp. constituyó parte considerable de la micobiota aérea viable en los depósitos con 22 especies correspondientes a 12 secciones, las de mayor variabilidad fueron Flavi y Restricti, mientras la primera y la sección Aspergillus fueron las mejor representadas. El 74% de las cepas mostraron alta capacidad para degradar los compuestos orgánicos evaluados y secretar ácidos, mientras el 34% excretó pigmentos de amarillo a pardo oscuro, se evidenció un amplio potencial biodeteriorante en general. Más del 30% de los aislados mostraron ser patógenos oportunistas peligrosos para el hombre al crecer a 37°C, secretar hemolisinas, y presentar un tamaño conidial que posibilita la deposición en alveolos pulmonares. Las cepas con mayor impacto biodeteriorante y patogénico fueron los correspondientes a las Secciones Flavi, Nigri y la especie Aspergillus fumigatus Fresen.