Candida lusitaniae es una levadura que ha sido descrita como un patógeno nosocomial emergente de baja frecuencia en infecciones profundas. La identificación oportuna de C. lusitaniae es importante porque puede desarrollar resistencia in vivo a la amfotericina B durante la terapia. Reportamos el aislamiento de C. lusitaniae como agente etiológico de infección de tracto respiratorio inferior en un paciente masculino. Los cultivos de orina y esputo fueron negativos para bacterias y positivos para esta levadura. Los aislamientos fueron identificados por métodos fenotípicos de rutina y confirmados por secuenciación y polimorfismos de longitud de fragmentos de restricción y PCR de la región espaciadora interna del DNA ribosómico.