Antecedentes: La fitoterapia es una de las más antiguas prácticas utilizadas por la humanidad. Hasta mediados del siglo XIX, cuando se introdujeron los medicamentos, la formulación de estos generalmente era basada en plantas medicinales.Objetivos: Determinar la micobiota y los niveles de aflatoxinas originadas de Aspergillus sección Flavi aislados de las 50 muestras de medicamentos fitoterápicos comercializados actualmente en la ciudad de São Paulo, Brasil.Métodos: Cincuenta (50) muestras de medicamentos fitoterápicos en la forma de hojas (té-25) y cápsulas (25) fueron colectadas de agosto de 2000 a julio de 2001. Los hongos filamentosos aislados fueron identificados al nivel de género de acuerdo con las características morfológicas y criterios taxonómicos. El análisis de aflatoxinas fue realizada por cromatografía de capa fina (TLC). Resultados: El análisis microbiológico mostró que 41 (82%) de los medicamentos fitoterápicos presentaron un crecimiento fúngico sobre las 100 UFC/g. Un total de 106 especies de seis diferentes géneros fueron aislados (Aspergillus, Penicillium, Mucor, Rhizopus y Alternaria). El género Aspergillus fue el predominante (60.5%) seguido por Penicillium (20,0%). Aspergillus niger (30%) A. flavus (22%), A. fumigatus (6,5%) y A. parasiticus fueron las especies de Aspergillus identificadas. Se observó que 13 (56,5%), de los 23 A. flavus aislados y dos aislados de A. parasiticus produjeron aflatoxinas. Conclusiones: La contaminación observada en la mayoría de los productos y el alto nivel de cepas productoras de aflatoxinas justifica un análisis más cuidadoso de los medicamentos fitoterápicos comercializados y la aplicación de leyes más rigurosas son necesarias para garantizar la calidad de los productos.