En Chile se ha detectado la presencia de algunos géneros de cianobacterias que pueden producir potentes hepatotoxinas y neurotoxinas, las que pueden ser letales para humanos y animales. En el presente trabajo se determinó la presencia de dos géneros de cianobacterias no tóxicos: Chroococcus y Spirulina; y cuatro génerosde cianobacterias productores de toxina, Anabaena, Anabaenopsis, Microcystis y Oscillatoria en tres diferentes cuerpos de agua de la V Región: Lago Peñuelas (Valparaíso), Tranque Recreo (Villa Alemana) y Embalse Los Aromos (Limache). Además se detectó la presenciade hepatotoxinas por MALDI-TOF MS encontrándose microcistina-RR, -LA, -YR y nodularina en Embalse Los Aromos, microcistina-LA en Tranque Recreo y microcistina- RR y LA en Lago Peñuelas. Adicionalmente enalgunas de las muestras se detectó la presencia de péptidos no tóxicos, que presentan actividad biológica tales como aeruginosinas, cianopeptolinas y microgininas. Como estos cuerpos de agua dulce sonutilizados para abastecimiento público y para la recreación, es importante diseñar planes de tratamiento y monitoreo para detectar y evitar los riesgos a la salud  humana y animal provocado por estos microorganismos.