La utilización de la microscopía en materiales en arqueológicas a partir de los años 50, ha repercutido fuertemente en el desarrollo de metodologías de análisis que permiten acceder a un registro inaccesible por otros medios. No obstante, Latinoamérica había permanecido relativamente ajena al desarrollo de dichas innovaciones. En la última década, sin embargo, la utilización de microscopía de diferentes aumentos y naturalezas ha ido cobrando un tímido impulso entre los investigadores, tal vez en coincidencia con un aumento en el interés por la tecnología y traceología ósea. En el presente trabajo se elabora una síntesis del impacto del uso de microscopía (y especialmente la Microscopía Electrónica de Barrido) en la zooarqueología y tafonomía chilena a partir del análisis de casos específicos, un balance crítico de sus posibilidades, requerimientos técnicos, costos y debilidades en el marco de la investigación zooarqueológica.The development of microscopy for the archaeological materials analysis since the early ‘50s, has strongly impacted the development of analytical methodologies that allow access to a record, otherwise, inaccessible. However, Latin America has remained relatively outside to the development of such innovations. In the last decade, however, the use of microscopy of different nature and magnification levels, and still has gained a shy impulse among researchers, perhaps coinciding with an increased interest in technology and bone traceology. In this paper we presents a synthesis of the impact of the use of microscopes (and especially at Scanning Electron Microscope) in chilean zooarchaeology and taphonomy from the analysis of specific cases, a critical assessment of their capabilities, technical requirements, costs and weaknesses in the context of zooarchaeological research.