Se analiza la diferencia fenotípica entre sectores del ayllu de Coyo Oriental de la población agroalfarera de San Pedro de Atacama. La muestra está constituida por 158 individuos correspondientes al Período Medio. Se trabajó con 35 variables craneométricas. Mediante un proceso basado en el cálculo de componentes principales (PC) y la aplicación del modelo lineal general (GLM) se obtuvo un conjunto menor de variables libres de los efectos producidos por el dimorfismo sexual, la edad y la deformación artificial. Las diferencias fenotípicas entre estos sectores (N, S y SS) se evaluaron mediante técnicas de análisis estadístico multivariado. Los resultados indican que el sector S se diferencia significativamente con respecto a los otros dos sectores(N y SS) entre los cuales la semejanza es mayor. Se discuten estos resultados con la información brindada por otros elementos culturales de los cuales se tienen referencias contextuales como por ejemplo los tipos de textiles y las tabletas psicotrópicas.