Introduction: Health reform in Chile included a National Medication Policy that positioned pharmacists as contributors to achieving therapeutic goals, and as promoters of the rational use of medications. The objectiveof the research was to explore the perceptions of pharmacists with respect to the implementation of changes introduced by the National Medication Policy. Materials and Methods: A qualitative and exploratory study, based on individual, semi-structured, in-depth interviews with pharmacists in the Metropolitan health care network, was carried out during March- August of 2010. A convenience sample of 10 professionals was selected from different health care levels within the Metropolitan network. The analysis of the interviews was carried out using content analysis.Results: For the interviewees, the National Medication Policy has given pharmacists and pharmacies an important role in different sectors of the health care network. Nevertheless, the principal difficulties in its implementation have been determined by the absence of different organizational and structural conditions in the institutions related to the implementation of the health reforms.Discussion: The implementation of the National Medication Policy has improved some processes of pharmaceutical management. Nevertheless, the gaps between the design and implementation of health reform have hampered its implementation.Introducción: La reforma de la salud en Chile incluyó una Política Nacional de Medicamentos que posiciona al profesional químico farmacéutico en la tarea de contribuir a lograr los objetivos terapéuticos y de uso racional de los medicamentos. La investigación tuvo el objetivo de explorar las percepciones de químico farmacéuticos respecto a la implementación de los cambios introducidos por esta Política. Material y Método: Se condujo un estudio cualitativo y exploratorio en base a entrevistas individuales semi-estructuradas en profundidad a profesionales químico farmacéuticos de la red asistencial de la Región Metropolitana durante el período marzo-agosto de 2010. Se seleccionó una muestra por conveniencia de 10 profesionales de diferentes niveles de atención de la red asistencial de la Región. El análisis de las entrevistas se realizó mediante la técnica de análisis de contenido. Resultados: Para los entrevistados, la Política Nacional de Medicamentos ha permitido asignar un rol importante al farmacéutico y a la farmacia dentro de las distintas instancias de la red asistencial. No obstante, las principales dificultades en su implementación han estado determinadas por la ausencia de condiciones organizacionales y estructurales de las instituciones relacionadas con la implementación de la reforma de la salud.Discusión: La implementación de la Política Nacional de Medicamentos ha permitido mejorar algunos procesos de la gestión farmacéutica. Sin embargo; las brechas entre el diseño y la implementación de la reforma de la salud ha obstaculizado su implementación.