El sistema fluvial Quilque (orden 3) recibe las descargas de aguas servidas de una población aproximada de 115.000 habitantes y de 19 industrias. Estos residuos se vertían sin tratar directamente al curso del río hasta fines del año 2002, cuando se puso en marcha una planta de tratamiento de aguas servidas. Para analizar los efectos de estas descargas sobre la fauna de peces, se estudió la calidad del agua y estructura comunitaria de la ictiofauna a lo largo de ocho estaciones ubicadas desde aguas arriba de los vertidos hasta 300 m aguas abajo del efluente de la planta de tratamiento. Tanto la calidad del agua como la fauna de peces mostraron una leve mejoría luego de cinco meses de operación de la planta de tratamiento. Aun cuando se redujeron las concentraciones de DBO5, sólidos suspendidos, nitrógeno y coliformes fecales, el río conduce una carga contaminante importante desde aguas arriba y mantiene remanentes en los sedimentos del lecho del río. La ictiofauna se encuentra empobrecida, pero evidencia un proceso de recolonización del sistema, desde las partes altas hacia el tramo inferior que recibía las descargas. Sin embargo, aún se mantienen sectores sin peces, debido a las altas concentraciones de DBO5. Las primeras especies en recolonizar aguas abajo son nativas (Trichomycterus areolatus y Percilia irwini)