Chile se caracteriza por presentar un marcado gradiente geográfico latitudinal y altitudinal. En él es posible encontrar diferentes cuerpos de agua continentales, cuya diversidad se refleja en la composición de especies zooplanctónicas. En este gradiente se pueden distinguir cinco zonas principales, en las cuales en las últimas décadas se ha recolectado información ecológica y en menor parte taxonómica. En el norte se distingue la zona de lagos y lagunas localizados en el altiplano chileno-peruano, en donde ha sido posible registrar especies endémicas como Daphnia peruviana y especies del género Boeckella. Chile central se caracteriza por una serie de cuerpos acuáticos localizados a baja altura y normalmente de baja profundidad, entre los zooplanctontes destaca Tumeodiaptomus vivianae. En esta latitud se encuentran también lagos de alta montaña de mayor profundidad, los que se caracterizan por la presencia de especies del género Boeckella. En la zona centro sur, en los lagos denominados Nahuelbutensis, existen pocos registros a este respecto. En la zona de lagos Norpatagónicos se ha recolectado la mayor información, y se caracterizan por una baja diversidad de especies. Finalmente en la zona sur de Chile, la región más típica en cuanto a riqueza de especies, está localizada en la región de Torres del Paine, con un alto endemismo (Parabroteas sarsi, Daphnia dadayana, D. commutata).