Pantanos de Villa es un humedal costero conformado por varios cuerpos de agua, permanentes y estacionales. Este ecosistema es reconocido internacionalmente como sitio RAMSAR y se encuentra ubicado al sur de la zona urbana de Lima, Perú. En junio y octubre de 2004 y en abril del 2005 se llevaron a cabo censos de la biodiversidad y abundancia de las comunidades zooplanctónicas litorales, representando a diferentes cuerpos de agua permanentes en un total de 21 puntos de muestreo. Las muestras de zooplancton fueron colectadas usando una red de plancton de 75mm de diámetro y una apertura de 120 mm, y fueron preservadas empleando una solución de formol azucarado al 4 %. Se determinaron algunos parámetros limnológicos como Oxígeno Disuelto (OD) (mg L-1), transparencia (cm), temperatura del agua (Tagua) (°C), temperatura del aire (Taire) (°C) y profundidad máxima (cm) de cada cuerpo de agua. Los resultados indicaron la presencia de 43 taxa, siendo más abundantes y frecuentes los rotíferos Brachionus calyciflorus (Pallas 1776) y Epiphanes sensa (Müller 1773), los ostrácodos, el nemátodo Rhabdolaimus terrestris de Mann 1880 y el ciliado Vorticella campanula Ehrenberg, 1831. El número promedio de organismos·L-1 fue de 337±80 y el número promedio de taxa por punto de muestreo fue de 11,2±2,1. Existieron diferencias significativas en el OD, Tagua y Taire entre las estaciones muestreadas. El análisis de componentes principales (ACP) indicó un componente conformado por OD, Tagua y Taire y otro formado por la transparencia y la profundidad. Finalmente, se realizó la valoración de la diversidad alfa y beta de las comunidades zooplanctónicas de este ecosistema acuático estudiado con el fin de proponer medidas para su conservación.