El desarrollo de métodos para evaluar de manera rápida y efectiva un sistema hidrográfico, pero sin perder la capacidad de integrar información de la salud del sistema, ha despertado un alto interés en el último tiempo. El presente estudio evaluó la condición ecológica de la parte alta del estero Ñonguen (primero cinco kilómetros) durante dos periodos estacionales, evaluando 5 transectos de 100 metros, separadas aproximadamente por un kilómetro. Para ello se aplicaron dos índices desarrollados para climas mediterráneos en la península ibérica: el índice de calidad de ribera (QBR) y el índice de habitat fluvial (IHF). Los resultados indican que estos índices entregan una aproximación confiable de la calidad de la ribera del río y del cauce mismo. Se discute sobre su adaptabilidad para sistemas fluviales en general.