El río San Pedro corresponde al sistema fluvial que desagua la cadena de ocho lagos andinos de la cuenca del río Valdivia (Región de los Ríos). Este sistema recorre 40 km entre el desagüe del lago Riñihue y su confluencia con el río Collileufu, donde cambia de nombre a río Calle Calle. En él se proyectó construir la "Central Hidroeléctrica San Pedro", cuyo muro se ubica 14 km aguas abajo del desagüe del lago Riñihue y la cual transforma 12,5 km de río en embalse. Ello generó la necesidad de elaborar un Estudio de Impacto Ambiental, el cual fue desarrollado por el Centro de Ciencias Ambientales Eula Chile (Universidad de Concepción). En relación a la ecología del río, dicho estudio puso especial énfasis en generar el conocimiento de detalle sobre su ictiofauna, con el fin de efectuar una evaluación de impactos especie específica. En este artículo presentamos los fundamentos y aproximaciones metodológicas para llevar a cabo el estudio intensivo, cuyos resultados dan origen a esta publicación monográfica y a la descripción de la distribución, abundancia, uso de hábitat, patrones de desplazamiento, relaciones de longitud-peso, primeros estadíos de vida y estructura genética de la ictiofauna del río San Pedro.