Basado en muestreos de tres años consecutivos y revisión de literatura, describimos la composición, singularidad y estado de conservación de la ictiofauna del río San Pedro, en la cuenca del río Valdivia. Además, analizamos los posibles orígenes de esta ictiofauna, postulando que parte de la cuenca del río Valdivia ha funcionado como un sumidero, principalmente su parte alta, con aportes de fuentes tanto costero-Pacíficas como del Este de Los Andes. Concluimos que el río San Pedro es de particular valor ictiofaunístico por su alta riqueza específica, endemismos y características biogeográficas.