El conocimiento de la dinámica natural de las comunidades biológicas en sistemas fluviales es relevante para la conservación de estos complejos ecosistemas. El río San Pedro, ubicado en la zona sur de Chile (39°46' - 39°51' S), es un sistema que posee una alta naturalidad dado el bajo nivel de perturbaciones antrópicas significativas. En una condición natural como ésta, el régimen de caudal determina en gran medida la dinámica de sus hábitats en el sentido longitudinal, lateral y temporal del río, influyendo a su vez en la distribución de las especies. De esta forma, la diferenciación hidrogeomorfológica a lo largo del río así como la variación a través del año, genera ensambles altamente dinámicos, tanto a nivel espacial como temporal. Con el fin de conocer la dinámica natural de las comunidades ribereñas de peces, estudiamos la estructura comunitaria a lo largo de tres zonas hidrogeomorfológicas del río San Pedro, denominadas macrozonas. También analizamos la dinámica temporal de los ensambles de peces para conocer cambios estructurales entre las épocas de alto y bajo caudal, asociados a la dinámica de las planicies de inundación. Para la determinación de los patrones espacio-temporales, se realizaron muestreos periódicos en el río San Pedro durante dos ciclos anuales (2006-2007) y se estimaron índices de diversidad clásicos y análisis de agrupamiento basados en similitud. Complementariamente, se realizaron muestreos en diferentes sectores de la cuenca para comparar las tres macrozonas presentes en el río y determinar el grado de singularidad del sistema. Los resultados sugieren la presencia de ensambles ícticos diferenciados a lo largo del río, principalmente entre la macrozona 1 (primer tramo) y 2 (segundo tramo), debido a la predominancia de ambientes más lénticos en la primera y de grandes rápidos en la segunda. Temporalmente, el aumento en las precipitaciones origina ambientes inundados en áreas terrestres. Esto influye en una reducción de la abundancia y diversidad de especies de peces en la época de alto caudal. En contraste, en la época de bajo caudal dominan los ambientes someros, y aumentan tanto el número de individuos como la riqueza específica. La ictiofauna del río San Pedro difiere en su composición y estructura de aquella que habita en otros sectores de la cuenca, lo cual lo convierte en un ecosistema altamente singular.