En sistemas fluviales, las comunidades biológicas están estructuradas principalmente por el hábitat físico. Conocer el tipo de hábitat que ocupa cada especie a lo largo de su vida es fundamental para comprender su ecología en sistemas naturales y definir estrategias de conservación en sistemas alterados. Por ello, aquí caracterizamos el uso de hábitat de 12 especies de peces nativos del río San Pedro. Se capturaron 37334 individuos de las 13 especies nativas presentes en el río. Los hábitats más muestreados y con mayores capturas totales fueron pozas someras y rápidos someros. Las especies más abundantes fueron Percilia gillissi, Galaxias maculatus, Galaxias platei y Trichomycterus areolatus. Se observa un uso diferenciado del hábitat por especie, en que los Galáxidos son más abundantes en zonas de baja velocidad (pozas) y los Siluriformes en zonas de alta velocidad (rápidos). Además, reconocemos el uso diferenciado del hábitat con la talla en Aterinópsidos y Percichthys trucha, en que los adultos ocupan principalmente los ambientes lacustres y sus juveniles las zonas fluviales ribereñas.