Estudiamos los niveles y patrones de variabilidad genética de ocho especies de peces nativos de la cuenca del río San Pedro (cuenca del río Valdivia, Región de los Ríos, Chile), con el objetivo de evaluar diferencias microevolutivas en especies sometidas a similares condiciones ecológicas e históricas. Las especies consideradas fueron: Diplomystes camposensis, Percilia gillissi, Galaxias platei, G. maculatus, Basilichthys australis, Percichthys trucha, Aplochiton taeniatus y A. zebra. Para ello comparamos indicadores de diversidad genética tanto intra como inter-zonas, e indicadores de estructuración, basados en secuencias de la región de control, para diferentes tramos a lo largo del desarrollo del río. También recuperamos relaciones de parentesco entre haplotipos y su distribución espacial, para cada especie, a partir de redes construidas por parsimonia estadística. Además estimamos indicadores de comportamiento demográfico en el pasado (D de Tajima, Fs de Fu y distribución de frecuencias de diferencias pareadas). Los resultados sugieren que, tanto los patrones de diversidad genética en el río, como las respuestas demográficas, son especie específicos. Las especies más variables, conjuntamente con un alto grado de estructuración y bajo flujo génico en el río son G. maculatus y A. taeniatus. P. trucha mostró altos niveles de estructuración pero valores menores de variabilidad que el par de especies anterior. Las especies menos variables y menos subdivididas en la cuenca son Diplomystes camposensis y P. gillissi. Las demás especies mostraron niveles de variabilidad y estructuración intermedios entre los patrones extremos señalados para las especies anteriores. Las diferencias entre especies se atribuyen a atributos biológicos idiosincráticos tales como nivel de especialización en el uso de hábitat acuático, abundancias poblacionales históricas y comportamientos migratorios. En el caso de Galaxias maculatus, los altos niveles de variabilidad son atribuidos a la mantención histórica de altos tamaños poblacionales, gracias a la posibilidad de usar tanto hábitats marinos como dulceacuícolas. Mientras que los bajos niveles de diversidad e indicadores de variación histórica de tamaños efectivos poblacionales, sugieren que Diplomystes camposensis y Percilia gillissi fueron especies más sensibles y sometidas a reducciones poblacionales en el pasado. Se discuten los resultados en torno a factores ecológicos, biológicos e históricos.