Los murciélagos representan el segundo orden de mamíferos más diverso. Sudamérica es rica en quirópteros. Sin embargo, Chile tiene una baja diversidad específica (12 especies) y ausencia de endemismos. Las publicaciones científicas que han abordado aspectos de la diversidad y taxonomía de estos mamíferos también son escasas. Esta revisión evaluó el estado actual del conocimiento de los quirópteros en Chile y sus principales resultados. Se distinguió de forma crítica los campos de investigación más y menos fortalecidos. Además se propone una explicación para la baja diversidad. Finalmente se confeccionó un mapa de distribución geográfica de las especies, relacionado con los biomas de Chile. Como resultado se recopilaron un total de 27 referencias en las últimas 2 décadas. El mayor número de publicaciones se alcanzó en la Infectologia y la Ecofisiología. El mapa de biomas mostró que la mayor diversidad se concentra en el Desierto de Atacama y presenta un patrón latitudinal decreciente. La taxonomía de los murciélagos chilenos ha variado fuertemente en el tiempo, aunque con periodos de estasis. Las principales limitantes a la diversidad de murciélagos en Chile poseen tanto un componente biogeográfico como un componente fisiológico de las mismas especies. Se necesita fortalecer los estudios macro y microevolutivos, de conservación y de bioacústica, para esclarecer importantes aspectos de la biología y diversidad de los murciélagos chilenos.