Los estudios dietarios contribuyen a comprender la ecología de las aves y son relevantes en programas de conservación de los organismos. Contrastamos los métodos de análisis dietarios fecales y estomacales en la Bandurria y en el Queltehue, para evaluar su sensibilidad para discriminar las presas consumidas. La diversidad y la abundancia de presas detectadas fueron mayores en los estómagos que en las heces en ambas especies de aves. El Queltehue no mostró una asociación en el número de categorías tróficas, ni una similitud en la composición taxonómica de la dieta entre ambos métodos, lo que sugiere que los análisis fecales no son confiables y pueden conducir a interpretaciones erróneas de la ecología trófica de esta especie de ave. La Bandurria mostró una alta asociación en el número de presas entre ambos métodos y la composición taxonómica y abundancia de presas en las heces fue concordante con la detectada en los estómagos, sugiriendo que los análisis fecales entregan resultados confiables y coherentes entre ambos métodos de análisis dietario; se recomienda su uso complementado con métodos moleculares de análisis de contenido estomacal como los isótopos estables si el objetivo de la investigación es desarrollar estudios a largo plazo.