Los efectos negativos causados por los fertilizantes químicos al medio ambiente han conducido en los últimos años a la investigación de alternativas ecológicas para el manejo de los cultivos, como los biofertilizantes, que utilizan microorganismos fijadores de nitrógeno (N). Durante la temporada 2013-2014 se estableció un ensayo de campo en la Estación Experimental Pillanlelbún, que tuvo como objetivo evaluar el efecto del biofertilizante Twin-N sobre los hongos micorrícicos arbusculares (HMA) nativos en un cultivo de papa, variedad Desireé. Twin-N contiene bacterias del género Azospirillum en concentración de 1x10(11) UFC g-1 pc. Se utilizó un diseño experimental de bloques completamente al azar con tres tratamientos y cuatro repeticiones. Los tratamientos correspondieron a: T0: un control con fertilización química a la siembra, FQS; T1 = FQS + 50 kg de N ha-1 (aporca) y T2 = FQS + 1 L Twin-N ha-1 (floración). A la cosecha se cuantificaron parámetros fúngicos y número, rendimiento y condición sanitaria de los tubérculos. En relación con los parámetros HMA, el tratamiento con Twin-N presentó la menor colonización fúngica en las raíces y una baja cantidad de esporas en la rizósfera, acompañado de un significativo incremento en el rendimiento de los tubérculos, señalando que los microorganismos contenidos en el biofertilizante contribuyeron a mejorar la efectividad de los hongos nativos. La incidencia de enfermedades en los tubérculos fue baja, solo se encontraron diferencias en la pudrición seca y cráteres. Se concluye que la adición del biofertilizante Twin-N a un cultivo de papa podría reemplazar en parte la fertilización química nitrogenada disminuyendo los problemas de toxicidad en el suelo.