El propósito del estudio fue caracterizar mediante marcadores ISSR algunas variedades españolas de olivo comercializadas en Chile, entre ellas una variedad de importancia económica regional en Atacama, la variedad Sevillana (Azapa). Se evaluó un protocolo de CTAB que fue modificado y adecuado para la extracción de ADN en drupas y hojas de olivos, sin la utilización de nitrógeno líquido. Se testearon 15 cebadores ISSR en siete variedades de olivo pertenecientes al Banco de Germoplasma de Olivos del INIA (Huasco-Chile) con los cuales se obtuvieron 153 bandas reproducibles y 130 bandas polimórficas (87%). A partir de 9 cebadores ISSR se pueden distinguir los siete cultivares en estudio. Con los cebadores UBC807, UBC814 y UBC850 se detectaron tres bandas exclusivas en la variedad Sevillana. Los análisis de relación filogenética realizados, evidencian que existe una mayor cercanía entre las variedades locales Sevillana y Picuda que con la variedad Gordal Sevillana, de origen española. En este estudio se utiliza un método de identificación molecular mediante marcadores ISSR con la finalidad de discriminar Sevillana de otras variedades de olivos de mesa comercializadas en el país.