El presente artículo analiza el modelo de financiamiento utilizado por el Ministerio de Educación de Chile. Este modelo considera mecanismos que incentivan la implementación o mejoramiento del desempeño estratégico de las instituciones, así como el eficaz empleo de unidades de análisis institucional, tanto para efectos del desarrollo de programas y proyectos, como para la gestión institucional y la alimentación del Sistema de Información de la Educación Superior (SIES). En Chile, a través de la experiencia lograda con el Programa de Mejoramiento de la Calidad y el Desempeño de la Educación Superior (MECESUP) para promover los objetivos de política pública, el Ministerio de Educación ha dado lugar al desarrollo experimental de un nuevo instrumento de asignación de recursos basado en resultados y en sus impactos académicos y estratégicos, este instrumento se denomina: Convenios de Desempeño. Los resultados de la experiencia piloto indican que son un instrumento de financiamiento eficaz y, principalmente, son un incentivo y un medio para lograr mejoramientos relevantes en las instituciones y el sistema de educación superior. La experiencia ganada con la ejecución de estos convenios permite sugerir, en este trabajo, aspectos que deben ser perfeccionados para lograr dar sustentabilidad a este instrumento como política pública y lograr una visión y estrategia integradora de mejoramiento de la calidad, en el quehacer integral de las universidades.